นับตั้งแต่การสวรรคตของชายผู้นี้ซึ่งเชื่อว่าเป็นจักรพรรดิที่ชั่วร้ายที่สุดของบริแทนเนียเมื่อหนึ่งปีที่แล้ว โลกก็มีความสุขอย่างสงบสุขอย่างที่ไม่เคยมีมาก่อนภายใต้การแนะนำของสหพันธ์แห่งชาติ อย่างไรก็ตาม ความสงบที่เปราะบางนี้พังทลายลงเมื่อกลุ่มติดอาวุธลักพาตัวอดีตเจ้าหญิง Nunnally vi Britannia และ Suzaku Kururugi หัวหน้าที่ปรึกษาของกลุ่มอัศวินดำได้สำเร็จ ซึ่งก่อให้เกิดวิกฤตการณ์ระหว่างประเทศ
อาณาจักร Zilkhstan ที่ทรงพลังและไม่น่าเชื่อถือถูกกล่าวหาว่าเตรียมการจับกุมพวกเขา เพื่อสืบสวน เจ้าหน้าที่โลกจึงส่งคาลเลน สตัดท์เฟลด์และพรรคพวกของเธอไปปฏิบัติการลับในประเทศนี้ ที่นั่น พวกเขาได้พบกับแม่มดผู้เป็นอมตะ ซี.ซี. ซึ่งกำลังปฏิบัติภารกิจในการฟื้นคืนชีพของบุรุษผู้รับผิดชอบต่อการปฏิวัติที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์ ตำนานที่จะลุกขึ้น รับคำสั่ง และกอบกู้โลกจากอันตรายอีกครั้ง
